RNA配列からRNase切断断片を計算するシートLite版4

T1digestLite4plus.xls
T1digestLite4.xls

090201 pp-の追加
081001 T1digestLite4plus
アーキア用にÀ をimGに、ÁをmimGに割当
独自文字なのでT1digestLite4plusと改称。

080830 要望の取り入れ(*)と整理、修正（ver3はスキップ）

• LEN()を毎回呼ばずにあらかじめ計算したセルを指定。
• 各断片の3'端を強制的に-OHにする機能を追加(*)。
• cyclic pの計算に使うH2Oの分子量をより細かくした。
• 不適切なセルを参照していたのを修正（動作は不変）。
• LENやSubstituteをなるべく呼ばないように軽量化。
• メチル(CH2)個数の行を追加。
• 修飾の数え方を加算のみで出すようにした。
• 様々な5'キャップの追加(*)。
• 表示する価数を5個に増やした(*)。 （要らない人は行を非表示にしてください）

080830以前

修飾の数を表示し、修飾がある場合は色をつけるようにした(*)。

RNaseAで切れる修飾塩基で切断できるようにした(*)。

ユーザー塩基の数値入力場所を表に作った。

Archaeosine(G+, "(" )を追加(*)。

Lite版2 (exact version)
T1digestLite2.zip
070312 変更箇所が多いのでファイル名を変えました。

• 最新のIUPACの原子量データから計算した分子量で最後の桁まで計算した。
• 有効数字は考慮していないので使用者が考えること。
• Ar(p)の分子量の誤りを修正。
• もし修飾塩基の分子量の誤りがあったら連絡してください。
• mongoの値は"ヌクレオシド-H"であとから+Hをしていたが初めからヌクレオシド値を使うようにした。
• I(イノシン)でも切る設定を可能にした。
• mongo改造版と同様にτm5Uとτm5s2Uを@とHにあてた。

Lite版Ver.1
070206 表示価数の入力を可能にした。水色のセルに価数を入力してください。
060513 U,Aでも切断できるようにした。UとCを両方切れるようにした。
060503 Cでも切断できるようにした。
060125 空白削除、大文字化、T->U変換（オプション）を搭載。
これによりゲノムデータからすぐに貼り付けられるようになりました。
051005 Gで切断しないことができるようにした。（wholeの計算が可能）
050927 配列順にも並べられるようにした。
050823 分子量の大きい順にも並べ替えができるようにした。
050822 シアノエチル化、メチル化の追加質量シリーズ機能を付けた。
（シアノエチル化 or メチル化を3つまでプラスしたm/zシリーズが表示できます。）
050822 Positive, Negativeの両方に対応。（Voyagerにも使えます。）
050819 断片にpを書くようにした。
050819 行数を増やした。
050726 Positionを最初と終わりの両方を表示するようにした。
050713 １個だけ計算するときに使うシート
１つのシート上だけで完結していて使いやすいです。 動作も軽いです。多機能化により重くなりつつあります。

使い方:
G1に名前（任意）、G2に配列を入力してください。
B1、B2：RNAの末端のリン酸の状態をドロップダウンリストから選びます。
I3、I4：測定モードと、追加質量をドロップダウンリストから選べます。


RNA配列からT1の断片を計算するシートLite版 Voyager用
050726 Voyager用に改変
T1digestVoyager.xls


RNA配列からT1の断片を計算するシート２
050615 空白を自動で削除すると書いておきながらしてなかったのでするように修正。
T→Uにするオプションも欲しいと思い始めた。
050614 完全リニューアルして自動的に並べ替えて、各価数のm/zを表示するシートを追加した。
自分が手でやっていたことはほとんどすべて自動化が完了。
ファイルが巨大化しているのでzip圧縮です。
T1digest2.zip


RNA配列からT1の断片を計算するシート
mongo oligo と同じ値を使用しています。
mongoのT1 digest mod のエクセル版。
一応、トップピークの位置も表示できます。
（求め方が非常に適当なので、参考程度で。）

050615 忘れていた空白を削除機能をつけた。
050608 色々直した最新版をアップした。
050516 m1Gなどで切るかどうかを選べるようにしました。
T1digest.xls


T1断片を計算後、各m/zを算出するためのシート
上のシートの結果を貼り付けて使うようになってます。
値だけを貼り付けてください。
T1mass_series.zip


< INJA ANALYZE -->