修飾塩基を含む核酸配列の編集、組成計算+α modbase.exe

modbase081.zip

210118 Ver 0.81 f5Cm一文字表記　゜（間違い）を°（正しい）に自動変換するように。modlist.txtをUTF-16に
201206 Ver 0.80 VB2019でビルド。T1/Aカットの出力形式を"つきtsvにした。Excelで開いたときに"(m1A)が正しく扱われるようになった。。
150820 Ver 0.79 ORFのDNA配列から各コドンの数をカウントする機能を追加した。
"コドンカウント"タブを開き、上側のテキストボックスにfasta形式でDNA配列を貼り付けてください。
ボタンを押すと単純に先頭から3文字ずつをコドンとしてカウントしていきます。
配列はこんな感じで用意してください→ SampleDNAseq.fa
140414 Ver 0.78 テキストボックスの最大入力文字数制限を撤廃し、巨大なテキストも貼り付けられるようにした。
質量計算タブの描画を高速化。
130204 Ver.0.77 色がおかしかったところを修正。ツールチップヘルプを増やした。
130126 Ver.0.76 VB2010でビルドし直した。.Net framework4.0以上が必要。

modbase075.zip
101228 Ver.0.75 切断する修飾塩基のデフォルト値の修正
101227 Ver.0.74 消化断片出力機能：RNase Aに対応。
切れる修飾塩基を選択できるようにした。
RNA消化断片出力で末端の扱いを修正。
テキスト連結の高速化
101107 Ver.0.72 DNA配列からT1フラグメントの一覧を出す機能を追加
RNA配列からT1フラグメント一覧を出す機能を追加
いずれも、マルチFASTAで複数の配列を入力できます。
染色体の配列を入れてユニークで長い断片を探したり、miRNAやtRNA等のRNA配列群を入れてユニークな断片を探したりするときに便利です。
091213 Ver.0.69 ENAの質量計算にも対応。
出力をタブ区切りにしてExcelにそのまま貼り付けられるようにした。
091129 Ver.0.68 LNAの質量計算機能を追加。DNA/RNAの切り替えを記憶するようにした。
080320 Ver.0.67 ダブルクリックでテキストボックスをクリアできるようにした。
質量計算結果のボックスでは自動ですべて選択されるようにした。
読み込んだ修飾塩基リストを右クリックから別のウィンドウで表示するようにした。
080202 Ver.0.66 U→T,Ｔ→Uをfasta形式での動作を追加
080102 Ver.0.65 lna-tm.comのTm計算にボックス内配列入力状態で跳べるHTML文書を吐くようにした。
071230 Ver.0.64 テキストボックスが伸びるようにした。
Fasta扱いのときはgap(-)を保存するようにした。
相補配列変換、unmodified変換でunknown塩基を考慮するオプションを追加。
071218 Ver.0.62 質量タブ 描画高速化とリン酸数計算修正。未定義の文字は無視されます。
071216 Ver.0.61 DNAの質量も計算できるようにした。未定義塩基と付加塩基のリン酸数の誤りを修正。
071213 Ver.0.60 未定義警告の表示改良。fastaオプションの改良。
071209 Ver.0.59 未定義の文字警告を出さないオプション、fasta形式として扱うオプションを追加
071209 Ver.0.58 LNA配列ツール（exiqon形式表記とIDT形式表記の相互変換)を追加

機能

修飾塩基の1文字表記を番号表記や通常表記に変換

修飾塩基を未修飾に変換

修飾塩基の相補配列（認識が変わるのにも対応）に変換

修飾塩基を含めたRNA/DNAのアベレージ、モノアイソトピック質量を正確に計算

塩基組成、元素組成も表示

修飾塩基データはタブ区切りテキストなのでExcelで容易に編集できます

部分配列抽出ツール

LNAの表記変換ツール：IDT形式とexiqon形式を相互変換