２つのtRNAを比較する / tRNA comparison powerpoint file (test version)
tRNAhikaku.ppt
tRNAの二次構造メーカー(powerpointファイル) / tRNA Secondary Structure Maker
要望や誤動作がありましたらフィードバックしてください。
tRNA_SS10.zip
論文のFigure作成用も作りました。
Figureで使うフォントはだいたい5, 6, 7ptです。それぞれ作成したので選んでください。
tRNA10forFig_5pt.zip,
tRNA10forFig_6pt.zip,
tRNA10forFig_7pt.zip
tRNA position番号についてはこれを参照→tRNA二次構造の番号.pptx
tRNA二次構造 Excel template 二次構造表template.xlsx
Update History
221229 論文Figure作成用に、fontが5,6,7ptのものを作成
Ver10 (220228)
excelから直接貼り付けられるようにtab区切りに対応
-1位に対応 -1位から入力する
5'-pを付ける書式設定 -1位も考慮
Ver9 (150227)
Tも塩基対組むように。
Macでエラーが出るバージョン判定をなくし、2007以降専用として改行はVbCrのみ対応にした。
最近の挙動でない方がいいので電子署名をなくした。
このtoolは、以下のpositionに対応しています。
-1 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 17A 18 19 20 20A 20B 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 e11 e12 e13 e14 e15 e16 e17 e1 e2 e3 e4 e5 e27 e26 e25 e24 e23 e22 e21 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76
用意するデータ / Data preparation
�� Fasta
fasta形式で、上記位置に対応するように配列を書く。存在しない場合は"-"(ハイフン)で埋めます。
修飾塩基は1文字表記、あるいは慣用表記どちらでも対応しています。
複数の配列を入れることができます。
シュードウリジンはYと入れておくと、あとでsymbolフォントに変えることでΨにできます。今はユニコードでΨを入力してもいいのかもしれません（未検証）。
(例)
>tRNA1
GCCCGGAs4UGGUGGAADC-GmGDA-GACACAAGGGAYUcmnm5UmAAAAYCCCUC-GGCG---UUCG----CGCUG-UGCGGGTYCAAGUCCCGCUCCGGGUACCA
��Excel (1 positon/1 cell)
Excelから貼り付けられるようtab区切りにも対応しました。
各positionごとに１セルにします。
tRNA二次構造 Excel template 二次構造表template.xlsx
A列はtRNAの名前です。
そのポジションが存在しない場合はハイフンか空白にします。
例：
使い方：
マクロが使えるようにセキュリティ設定を変更してください。(「警告を表示してすべてのマクロを無効にする」でよいはず)
署名なしバージョンを開くと初回に警告が出るのでマクロの実行を許可します。
・tRNA10.pptmを開きます（マクロを許可します）。
・マクロで add_menu を実行するとメニューが「アドイン」タブに追加されます。
・一番上のテキストボックスに配列を入れます。
上記で用意したfasta、またはExcel(A列 - CV列)から貼り付けます。
・アドイン - tRNA二次構造の下にあるメニューから以下のいずれかを実行します。
二次構造に配置（一文字） - fasta 1文字表記の場合
二次構造に配置（慣用表記） - fasta 慣用表記の場合
二次構造に配置（tab区切り） - tab区切りテキスト(Excel)の場合
・すべての書式設定を行うを実行します。
・書式設定用マクロを1つずつ手動で行うこともできます。
各tRNAは2枚目以降のスライドにコピーされます。スライド１は作業用です。
書式設定はスライド2以降のすべてのスライドについて実行されます。
・スライド2以降を別のpowerpointファイルにコピーして保存します。
・メニューを削除したいときは「メニューを削除」を実行してください(tRNA10.pptmを開いていることが必要)。
注：
Canvasにしたいときは、Canvas X以降に付いているCanvas PS仮想プリンタで印刷すると、簡単、きれいにCanvasファイルに変換できます。
Old update history
100515
太字のon/offを追加。32位を中央寄せに。
091109
Powerpoint2007に対応した。
090604
マイナーな修正（動作は変わりません）
縦バージョンを作った。
1.複数配列に完全対応：新しいスライドに結果をコピーする仕様にしました。
2.書式設定をすべてまとめてやるコマンド追加
（修飾塩基書式設定、ハイフンを隠す、Yをsymbolフォントに、WC塩基対以外を隠すの4つを連続で行います。
スライドは1枚しかないときは1枚目を、複数枚あるときは2枚目以降のすべてを処理します。
選択したスライドだけ処理したいときは個別のコマンドを実行してください）
[前回まで]
1文字表記に加え、慣用表記にも対応した。
（mnm5UとかyWとかpreQ0とかでも、きちんと割り振ります。
完全には確認してませんので不具合があればお知らせください。
大文字小文字が判別に重要なのでそこは正確にしてください）
ハイフンを除去するマクロ
修飾塩基の上付き下付き設定マクロ
YをΨに置換するマクロ
YだけフォントをSymbolにするマクロ
など体裁を整えるマクロ（選択範囲のスライドのみに実行されます）