T1関係
マス（T1など）関係のファイル置き場
Macの人へ
MS/MSシート
RNase切断や5'や3'のラダーを計算するシート (ver.4plus準拠) マクロ版
通常版： ladder4plus12.xlsm
ロングバージョンは通常版を長くしたので廃止
old version:
ladder4plus10.xls
ladder4plus9.xls
使い方:
G1に名前（任意）、G2に配列を入力してください。
B1、B2：RNAの末端のリン酸の状態をドロップダウンリストから選びます。
I3、I4：測定モードと、追加質量をドロップダウンリストから選べます。
180720 Ver.12
N341, ho5U, U-52, cm5U, m4Cm, m3U, ct6A, ca5Cの追加
150710 Ver.11
+H2O/-m7G/-m7G+H2Oを追加
140417 Ver.10
デジタル証明書を除去して、10としてリリース
(win7以降はオレオレ証明書が使えないため。「コンテンツの有効化」ボタンが出るので押してください。)
セルの先頭が「'」(= m3C)だと無視されてしまう問題に対処
一番上の入力欄も同じ問題を抱えているが、m3Cから始まる配列はあまりないと思われるので対処していません。
120524 Ver.9
配列に改行が入っている場合でも、自動的に改行コードを消すようにした。
650行に増やした。
全切断パターン出力機能を正式採用。
RNAが任意の位置で切れた断片を全て網羅的に出力する。
生じる断片の5', 3'末端のリン酸化状態を指定できる。
真の末端（入力配列の3'端）のリン酸化状態は左上で指定する。
最大長と最小長を指定できる。
pre miRNAから前後のずれた色々なmiRNAを切り出すときなどに使ってください。
110114 Ver.9 beta 北條用に任意の箇所で切断された断片を網羅的に出力する機能を追加
101119 切断塩基のデフォルト値を変更。
101119 Ver.8
定数表が古かった(mongoの値のままだった)のを現行の値に更新。
hm5C, hm5Cmを追加。ÄとÅに割り当てた。
100927 Ver.7
offsetを何回も呼ばないようにした
additional massシリーズに、+Se-S/+Se-O/+リン酸を追加
(セレン化したときの質量、リン酸化したときの質量を計算）
additional massシリーズに、アセチル化を追加
重複を無視する設定のときに、２番目の配列中の*や?の含まれる断片が表示されないことがあったのを修正（チルダでエスケープするようにした）
3' ladderの3'端リン酸の処理の仕方をRNase+ラダーに合わせた
シートを増やしたいときに増やせるようにした
⇒ 1r, 1の組み合わせのように、「名前+r」と「名前」というシートの組み合わせにし、その順番で並べてください。
（左端のセルでシート名を関数で自動取得。シート名を決め打ちでなく、indirectでセルの文字列から指定。VBAではWorksheetオブジェクトを取得するのにActiveSheetとActiveSheet.Nextのみを使用。→シート並び順を変えると動作しません。）
100113
RNase+ladderでラダーを作る数がおかしい部分があったのを修正
091216 Ver.6
=が先頭の断片があると正常に表示されなかった件を修正
+O/+S-O/-H2Oの計算機能を追加
vlookup→offsetに変えた（かえって遅くなる可能性もあり）
090824 Ver.5正式リリース
T1/Aで２つ目の配列を入れたときに１つ目の配列と重複する断片を表示しないオプションをつけた
090805
変更を保存しますか？を毎回出ないような設定を作った。
090722
順番算出用丸めを5桁→4桁に
090723
 m62A, à m1acp3Y を追加
2つ目の配列由来断片を色付きにした
行を増やした
090713 Ver.4
RNase + ladderがうまく動いてなかったのを動くように修正
行を50くらい増やした
再計算一時停止による高速化
文字列型midを使用するようにした
一定の長さ以上のフラグメントのみを表示する機能
→1merや2merを表示しないようにできるので見やすくなります。
2つのRNA配列を同時に扱う機能
→2つのRNAが混じっているときに両方の断片を一気に見れます。
090305 Ver.3
3'ラダー+RNaseの動作を改善
RNAの3'末端形状は左上で指定し、ラダーで生じる各断片の3'端は別のセルで指定するようにした。
090216 Ver.2
T1やAのボタンを追加。T1digestLiteと同等です。
T1やAでの切断と5'、3'それぞれのラダーの混合モードを追加。
T1やAで未知の末端を探す場合にお使いください。
ラダーのキャップ計算を一部修正。
(前Versionは誤りがありますので使わないでください。)
090201 5'や3'が不明なRNAで、末端断片の探索を行うときに使う。
断片配列とラダーを作る数を入力後、5'または3'のボタンを押します。
さらに古い履歴はこちら
wholeの質量計算用エクセルシート
070221 たくさんのwhole配列を計算するためのシート
smallRNA_whole_mass.xls
Mongo Oligo Mass Calculator 改造第5版
031113 Lysidine, ncm5U 追加
041210 "RNase T1 digest mod": m1G, m2G, m22G 切断モード追加、本家update内容移植
「RNase T1 digest mod」は、Gに加えてこの3つのメチル化Gでも切ります。m7Gは、あまり切れない気がするので入れてません。
060522 RNase CL2/3 digestを追加。Cで切ります。
060606 デフォルトのオプションの変更、表示サイズ最適化(by T.S.)
tm5Uとtm5s2Uを@とHに割当
エンコードを欧文に指定、ヘルプを同梱、変更履歴をヘルプに移動
CIDフラグメントdイオンの5'-pの扱いを修正(by T.S.)
061013 DNA2RNA、RNA2DNAのボタン名称と動作修正。U⇔T変換のみ(by T.S.)
Dcomp.とRcomp.とreverseの機能を追加。修飾塩基はそのまま残される(by T.S.)
061016 日本語版同梱
061119 mongo.js修正、差し替え
mongo_mod5.zip
mongo_mod4.zip
mongo_mod3.zip
MS/MSフラグメントを計算するシート
220302 ver.4 positiveにも対応
180720 ver.3 最新の仕様に合わせてアップデート
060208 ver.2 miRNAで使えるように24merまで表示するようにした。
050822 考えられるMS/MSフラグメントを一覧表示するシートを作りました。
RNAの場合、基本的にはc/yの系列で出ます。
任意の質量をプラスできます。
T1MSMSfragment4.xlsm
T1MSMSfragment3.xlsm
RNA断片からMS/MSフラグメントを計算するシート DNA版
080424 上記ファイルのDNAバージョン、単にOを1つ引いているだけ。
T1MSMSfragmentDNA.zip
AUGCのRNA配列と質量の表 20-23mer
20_23merRNA.zip
AUGCのRNA配列と質量の表
050704 7merまで引っ張った。Gが１つのデータを作った。
050624 難しいのかと思っていたら意外とすぐ作れたので公開
AUGCからなる任意のフラグメントの質量を網羅的に計算できるシートです。
計算結果を質量順に並べた表もついてます。
あるm/zの断片がどういう組成かを考えるときに便利です。
アベレージとモノアイソトピックの3'-p、3'>p、3'-OHの計６個の値を表示できます。
それとは別に5'-pの有無も選べます。
RNAfragment_mass_list.xls
